Markdown-tiedostot ovat teksti-tekstitiedostoja, jotka voivat sisältää tekstin sisäisiä symboleja tekstin muotoilemiseksi (esim. Otsikot, lihavoitu, taulukot). MD-tiedostoja käyttävät usein myös versionhallintajärjestelmät, kuten GitHub (esim. README.md).